
Por volta de 1650 a.C., a posição da 13.ª dinastia foi usurpada, não se sabe ao certo como, por um grupo estrangeiro que se designa convencionalmente por Hicsos, forma grega de uma frase egípcia que significa «governante de terras estrangeiras». Os Hicsos eram possivelmente provenientes do Mar Egeu, e constituíram a 15.ª dinastia egípcia; parecem ter sido reconhecidos como principal linhagem real em todo o país. Esta dinastia fundou a sua capital em Avaris, no nordeste do delta do Nilo. Teve seis reis cujos reinados totalizaram 108 anos de duração. Houve também um grupo paralelo de Hicsos - conhecido como a 16.ª dinastia - que talvez tenha sido um grupo de outros governantes asiáticos que se proclamaram reis nas zonas que controlavam. É possível que durante este período a 13.ª e 14.ª dinastias tenham continuado a manter alguma influência no Noroeste do delta.
A resistência à invasão foi representada pela 17.ª dinastia, soberanos autóctones sediados em Tebas, que controlavam o vale do Nilo desde Cusae (el-Qusiya) no norte até à 1.ª catarata. No sul, os chefes núbios de Kerma conquistaram a Baixa Núbia. Havia, portanto, essencialmente três divisões da região que fora controlada pelas 12.ª e 13.ª dinastias. Manteve-se a paz entre elas durante quase um século.
Seqenenra Taa II, faraó da dinastia tebana, começou as lutas para expulsar os Hicsos. O seu sucessor, Kamose (1555-1550) , foi mais longe estendendo as campanhas a sul, até Buhen, e chegando quase até Avaris, capital dos Hicsos, que entretanto se aliaram aos reis núbios.